Windows PE 的開機流程與一般的 Windows 很接近，若能瞭解開機流程，對自訂 Windows PE 會有相當幫助；以下簡述 Windows PE 開機流程：
電腦的 BIOS 載入特定媒體的開機磁區，並將控制權交給 Setupldr（一般的 Windows 是交給 ntldr）。
Setupldr 載入並執行 Ntdetect.com，後者會擷取基本的系統設定資訊，並將這些資訊儲存在 HKLM\HARDWARE\DESCRIPTION。若以唯讀媒體開機，Windows PE 會將登錄資料庫的 Hive 存於記憶體，以便應用程式寫入。
接著 Setupldr 會以 Winpeoem.sif 載入適當的硬體抽象層（HAL）、系統登錄保存檔以及必要的開機驅動程式。載入完成後即準備環境執行核心，也就是 Ntoskrnl.exe。
執行 Ntoskrnl.exe 並完成環境安裝之後，再將控制權交給「工作階段管理員」（Session Manager Subsystem，SMSS）。
SMSS 會載入其餘的登錄資料庫，並設定 Win32 子系統（Win32k.sys）執行環境及其各個處理程序。SMSS 再載入 Winlogon 處理程序以建立使用者工作階段，然後啟動服務和其他不重要裝置的驅動程式及 LSASS（Local Security Authority Subsystem Service）。
接著 Windows PE 會執行 Winpeshl.exe，這個程式會執行「命令提示字元」（Cmd.exe）和 Startnet.cmd（這相當於 Windows PE 的 Autoexec.bat）。預設會以 factory –winpe 作為 Startnet.cmd 的參數，而這會根據以下順序執行 Winbom.ini 裡的區段：
[WinPE.Net]
[DiskConfig]
[OEMRunOnce]
[OEMRun]
[WinPE]（除了 Restart 之外）
[UpdateSystem]
位於 [WinPE] 的 Restart
執行完 Startnet.cmd 之後，系統會停在命令提示字元，Windows PE 的開機程序也告完成。
Startnet.cmd 的預設參數為 factory –winpe，您也可以新增其他參數來自訂 Windows PE 開機程序。若要結束 Windows PE，只要在命令提示字元執行 exit 命令即可。
